然而，事态的发展并非如他所愿。果不其然，就在北京“两会”期间发言的两个月后，5月16日，国资委党委书记李毅中亲赴深圳，突然宣布免去赵新先三九企业集团总经理、党委书记职务。其公开的理由是，国资委管辖的干部60岁必须退休，而赵新先已经63岁了，离职退休是正常的。他同时给予了赵新先很高的评价，称他“40年如一日，为我国的医药事业，为三九企业集团的发展，作出了突出贡献”。赵新先的经历再次证明，企业家是一个多么残酷的职业。1995年，正如日中天的赵新先作为特聘兼职教授，受邀参加清华大学经济管理学院的元旦座谈会。时任国务院副总理兼经济管理学院院长的朱镕基对他说：“你放心，即使南方药厂垮了，我还要请你当教授，为什么？因为你可以从这里总结经验，企业是怎么垮的。当然我不希望垮。”此言悠悠，竟藏无穷忧虑。

2004年3月，在北京召开的全国“两会”上，作为全国政协委员的赵新先在接受中外记者采访时，再度把矛头直指国资委。他说，国资委管辖的中央企业里，存在着部分这样的企业，即国家并没有投入资本金，企业是靠向原来的上级单位借款发展起来的，不仅在当初的两三年内还清了借款，而且向上级上缴了相当于借款数十倍的利润，这样的企业虽然归属国有企业，但国家早已没有了实际的、直接的资本金投入。因此，作为国有资产的代表机构，国资委应当担负起企业股东为获得发展的流动资金增加投资，投入新的资本金的职能。
赵新先的这些言论其实是拿他的职业生命当了赌注。他大胆逼宫国资委，无非想达到两个目的：其一，国资委担负起出资人的职能，对三九注资50亿元，这样，银行逼债风波自然化解；其二，国资委同意三九进行股份制改造，那么他及其团队就可以顺势成为三九的真正主人。这两个目的无论达成哪一个都是令人满意的。而他之所以敢于如此动作的原因是，三九自创办以来一直由他掌控，从人事、财务到产业没有第二人了然全盘，如今乱局如麻，除他之外何人敢接、谁人能解？