他并不笼统地提倡放权或收权，而是分离出“行政性分权”和“经济性分权”两个概念。所谓“行政性分权”是指中央把权力下放给省、市、县，由地方行政机构管理经济，“经济性分权”是指将过分集中于行政主管机关的决策权下放给企业。吴敬琏认为，当前的中国改革，行政性分权步子迈得太快，而经济性分权则远远不足，“行政性分权充其量只不过使企业从原来中央机关的附属物变为地方行政机关的附属物，并不能使企业成为独立的商品生产者，也不能改善经济机制。在命令经济框架下实行层层分权，其结果只能是政出多门，使整个经济机制。在命令经济框架下实行层层分权，其结果只能是政出多门，使整个经济陷于混乱”。因此，他认为“分权的命令经济是一种最坏的命令经济”。由以上的理论阐述，吴敬琏得出了一个重要结论:不应当笼统地把改革的目标定为“分权”，而应当区分性质不同的“权力”，行政性权力需适当集中，经济性权力则应充分下放。既然中国改革的正确方向是建立市场型经济，应当追求的分权就只能是经济性分权，而不能是行政性分权。吴敬琏的这一经济结论与当时思想界颇为流行的新权威主义相当暗合。